Back to the main page.
Bug 2730 - ft_sourceplot: on-the-fly surface interpolation works not as expected according to a user
| Status | CLOSED FIXED |
| Reported | 2014-10-09 07:51:00 +0200 |
| Modified | 2019-08-10 12:28:39 +0200 |
| Product: | FieldTrip |
| Component: | core |
| Version: | unspecified |
| Hardware: | PC |
| Operating System: | Mac OS |
| Importance: | P5 normal |
| Assigned to: | Arjen Stolk |
| URL: | |
| Tags: | |
| Depends on: | |
| Blocks: | |
| See also: |
Jan-Mathijs Schoffelen - 2014-10-09 07:51:50 +0200
Arjen updated his FT-version (after an unknown amount of time) and found (in his eyes) unexpected behavior. Here is what he found (in Dutch): 1) cortex in de surfaceplot is erg donker. in code.google zie ik dat ik in een lang geleden revisie https://code.google.com/p/fieldtrip/source/diff?spec=svn9365&r=9365&format=side&path=/trunk/ft_sourceplot.m sourceplot ook de curv en sulc liet downsamplen, en toen ook een regel code heb ingebouwd om de cortex lightgrijs te plotten in het geval er een curv veld aanwezig was (r1012). Nu zie ik dat die regel verdwenen is in de huidige versie (niet gecheckt sinds wanneer), en wordt de cortex dus in donkergrijs geplot. Is hier een reden voor, of zal ik de cortex weer in lichtgrijs laten plotten? Donkergrijs is namelijk best wel lelijk, vergelijk de 2 sourceplot attachments. 2) verder zie ik dat er nu ook inflated surfaces in de template dir zitten. is dit work-in-progress? want plotten met cfg.surffile = 'surface_inflated_right.mat' geeft een inwardshift van de blob (het brein is te ver opgeblazen lijkt het). en plotten met cfg.surfinflated (waarschijnlijk de bedoelde manier) geeft "Color Data is not set for Interpolated shading". Als ik me goed herinner komt dit doordat de anatomische/functionele datapunten en de kleur datapunten niet in grootte overkomen.
Jan-Mathijs Schoffelen - 2014-10-09 07:54:49 +0200
(In reply to Jan-Mathijs Schoffelen from comment #0) @1: I think light grey is OK, please proceed @2: when doing an on-the-fly interpolation from a 3D volume to a 2D sheet, the points need to match, i.e. this needs to be done on an uninflated surface, otherwise the blobs don't end up where you expect them to end up. as far as I remember, one needs to specify a matching surffile (uninflated) and surfinflated field is this is to work well. at this point I don't see whether this is a bug, or incorrect user behavior
Arjen Stolk - 2014-10-09 08:47:39 +0200
(In reply to Jan-Mathijs Schoffelen from comment #1) 1) will do 2) ah, seems user error then, didn't see specify both surffile and surfinflated
Jan-Mathijs Schoffelen - 2014-10-09 09:43:12 +0200
(In reply to Arjen Stolk from comment #2) @2: please consider updating the documentation if it's not clear.
Arjen Stolk - 2014-10-09 12:42:24 +0200
(In reply to Jan-Mathijs Schoffelen from comment #3) Sure, added a sentence